私も同じ事をしています。しかも両極端・・狭くして、次は拡大！
回答としましては、 車検証に記載のサイズより３ｃｍ前後（片側１．５ｃｍ前後）なら誤差としてそのまま車検が通ります。
ただし、これは検査場と検査する人により変わり曖昧だったりします。
（私も事実５ｃｍオーバーで通りました）
大幅にはみ出る場合も記載事項の変更だけで大丈夫です。
ただし５，７ナンバーの車両でサイズが1700mmを超えると３ナンバーとなりますのでこのときはナンバー変更に伴う費用がかかります。（プレート代、用紙代、印紙代）税金等は変わりません。
ノーマルと見た目大きく変わらない、サイズが微妙なのできちんとしておく場合は（私の旧Ｍｉｎｉは純正でオーバーフェンダー付いてますから大きくてなっても気が付かない）、次回車検を受けるとき一緒にやってしまえばいいと思います。
ノーマルと明らかに違う場合は、警察に指摘される場合もあります（警察官の車に対する知識次第ですが）ので記載事項変更手続きはしておいた方がよいでしょう。
手間は陸運局に行って手続きなのでその時間二，三時間、費用は数千円レベルです。自動車屋に依頼する場合は店の方と店舗の都合次第です。
ただ、フェンダー丸ごと交換するような大がかりな変更は、構造変更が必要になる場合がありますのでこれはＳＨＯＰの方に要相談でしょうか。（インプレッサのＷＲカーレプリカ制作とか）
問題は、軽四車両の場合は規定が違いますので軽枠サイズを超えると普通自動車になりかなり厄介です。
私の場合は、
昔、旧Ｍｉｎｉに乗っていたときですが、元々小さい５ｊホイル用オーバーフェンダーが標準でビス止めされてる車両をフェンダーレスにして乗っていました。これは逆に車検証より狭くなりますがそのまま車検通して、ナンの指摘も受けませんでした。それから、かなり幅の広い７ｊ用オーバーフェンダーをビス止めで装着、これも問題なく通りました。ただ次回車検を通したときにさすがに微妙、ということで車屋さんが（取り付けした業者とは別）気を利かせて記載事項変更してくれました。通常の車検費用と同じでした。
また、前モデルのマーチでレース用レプリカのオーバーフェンダーを装着した友人が、記載事項変更して問題ないのだが、何度も警官に止められいちいち車検証見せて問題ないことを説明するのがめんどくさいと、さらにフェンダーにモールを貼り付けたうえで1700mm超えさせ、３ナンバーに変更した者がいます。こうすればナンバー見ただけで問題ないことが解るので止められなくなったといっていました。たしか費用的には５，〇〇〇円ぐらいだったと言ってました。事務手続きとナンバー付け替えて封印で陸運局にて二時間程度（ほとんど待ち時間）だそうです。
