不要になった元OSディスクの初期化について

質問

いつもお世話になっております。
先日OSをxpに変え、現在以下のような状態になっています。
H:　現在使用中で、xpのOSが入っています。
C:　以前使っていた2000のOSが入っています。
　つまりC:のほうを全てフォーマットしたいのですが、system32にある幾つかのファイル（?）が
どこかで起動しているか書き込み用と表示され、右クリック後フォーマット選択でフォーマットなどが出来ません。
　xpに変えたばかりなのでディスク管理を探す方法もできませんでした。
（手順が書いてあるサイトを見たものの、正直出来るかといわれたら怪しいのですが）

　2000以降はCDを使ったアンインストールが出来ると聞いたので試してみようかと思っていますが、
起動時に使っていないOSをアンインストールできるのかなとか、古いバージョンのソフトを突っ込んで大丈夫なのかなと
不安ばかりが絶えないのでこちらで質問させていただくに至りました。
　もう使わないだろうと思ってC:にある数個のフォルダを消してしまったという初心者ぶりです…orz

　まとめると使っていないOSの入っている初期化の方法と、留意点です。
どうかよろしくお願い致します。

回答No.1

popman100

今現在は、デュアルブートの状態ですか。
CにWin2kが入っている状態でHにXPを入れたのですか。
Cドライブには現在、起動に必要な情報があると思うので、これを初期化すると、XPも起動しなくなる可能性があります。
CにXPを入れ直してしまうのが一番すっきりしそうですが・・

補足

xpをインストール時はH:以外のHDDはコードを繋げずに、H:のディスクだけ使用している状態でOSのインストールを行いました。
C:はUpdateやバスターを入れ終わってからコードを挿しました。
実質３日程度はH:だけの状態で使っていました。
C:に入れなおしたいところなのですが、C:よりH:のほうが容量が大きいのと、結局C：にいれるならH:に入ってるxpをどうにかしないとになるので使わないほうを消そうかなぁと思ったのですが…初心者には向かないのでしょうか？

デュアルブートの状態を経験したことが過去にないので質問に質問を返すカタチになって申し訳ありません。