新宿に通勤の場合は、比較的楽なのは、中野、荻窪、吉祥寺でしょうか。中央線の快速は半端でなく混みますが、各駅停車はそんなに混みません。中野は始発もあります。荻窪の場合は、地下鉄なら始発になります。吉祥寺は始発ではありませんが、各駅停車は早朝と深夜を除き隣の三鷹始発なのと、中央線が止まった時、遠回りにはなりますが、井の頭線に逃げることも可能です。(これは、荻窪(中央線と丸の内線)、中野(中央線と東西線)にも当てはまります。)ただ、欠点は家賃が高いです。荻窪と吉祥寺は特別快速は停車しません。
それと、荻窪も吉祥寺も駅から15分くらい離れたところの方がいいかもしれません。
中野は、東急ストア、西友、ドンキホーテ、大丸ピーコックのほかに、北口の商店街に結構お店があります。青梅街道まで行けば、鍋屋横丁に結構商店があります。
荻窪は、西友、タウンセブン、ルミネ、環八沿いにOKというスーパー、南側の場合は高井戸や西荻窪もそんなに遠くないです。
吉祥寺は、東急百貨店、伊勢丹、ロンロン、西友、フーデックス、パルコ以外に北口のアーケード外にはかなり個人商店があります。来年の5月にヨドバシカメラも出店します。自転車で行く場合、吉祥寺の百貨店は駐輪場が有料ですが、500円以上買えば、3時間まで無料で駐輪が出来ます。
あとは、西武新宿線沿線ですと、#1さんの仰っている上石神井(ここも始発があります。)、ちょっと遠くなりますが田無(ここも始発があります。)上石神井は急行停車駅で、田無はさらに快速急行も停車します。自転車があれば、上石神井(荻窪からでも吉祥寺には自転車で15分くらいでいけます。)だと吉祥寺に15分くらいでいけますし、田無でもひばりヶ丘に15分くらいでいけますので、さほど問題はないと思います。
田無の場合、駅前に西友系LIVINというお店があります。それに併設して、専門店街もあります。
ひばりヶ丘まで行けば、西友、PARCOがあります。