シェルとカーネルの概念とプログラムの処理の流れ
興味本位で「プログラミング」について、調べ学んでる内にひとつの壁にぶつかりましたので質問させていただきます。
質問内容は「シェルとカーネル。そしてアプリケーション」になります。
素人ながら現在持っている論理を下記に列挙します。誤認識などあれば指摘いただければ幸いであります。
狭義での論争は、避けたいので、広義として理解頂ければと思います。（狭義や曖昧な点においてもある程度学習済み）
1. プログラミング言語には、低級・高級言語があり、ハードよりのC言語（影響下のC++, Objective-C）で作られたプログラムの実行速度は速い。
2. プログラム処理系には、インタプリタ・コンパイラがあり、一般ユーザーが使用するアプリケーションのほとんど（.exeなど）がコンパイラアプリケーション。
3. JavaなどVM環境下動作するアプリケーションは、中間言語で実行される。
4. OSには中核であるカーネルがあり、カーネルは人工言語（コンピューター言語）を機械語に訳し、各リソース（CPU・RAMなど）に処理を実行させる。
5. カーネルはシェルに覆われており、実際のユーザー側の処理のリクエストは、シェルを介して行われる。
6. シェルには大別して、CLI(CUI)とGUIがあり、CLIシェルはプロンプトが表示されるコマンドラインインタプリタ。
7. GUIシェルは、OSがオペレーションの意から、OSの各種機能（Windows System, エクスプローラー等）。※ 私は理解を容易する為にOSそのものをシェルと捉えてます。
長くなりましたが、上記を踏まえた上での質問が下記になります。
Q. iTunes, Word, などの各種アプリケーションの各種操作（処理、実行）というのは、コンピューター言語でシェルを介し機械語でカーネルまで橋渡しされるのでしょうか？
なぜこのような質問になるかといいますと...
プログラミング言語は機械語にコンパイルして、はじめてコンピューターに理解してもらえる事は百も承知です。
プログラミング言語で制作されたアプリケーションの処理や実行は当然、コンパイル済みの機械語で行うものと認識しております。（ここでは中間言語は除く）
ここで冒頭に述べた壁に当たりました。洒落ではなく、私の中で「殻」もとい「壁化」してしまったシェルの存在です。
現在、持ち合わせてる論理から考察すると、機械語で実行された処理をシェルを介す意味がどこにあるのか？それとも介さずカーネルにそのまま引き渡してるのか？
私が間違っており、そもそも制作されたアプリケーションの処理や実行は、コンピューター言語であり、それをシェルを介しカーネルという流れがあるのならば、コンパイラの存在意義が分かりません。
本来はもっと自分が思ってる事を言語化出来ればいいのですが、これが現時点で精一杯です。
お礼
なるほど、ありがとうございます。構文解析時ではなくて実行時に処理しなくてはならないこととは具体的にはどんなことでしょうか？