まずエフェクターについてですが、効果に関してはそのエフェクターの種類によって異なりますし、その効果によって使用法も変わってきます。 その二つに関しては、エフェクターの種類を知ることからはじめて、その効果に見合う使用法を考える必要があるでしょう。
ベース用のエフェクターについては、音の粒を揃えるコンプレッサー、音を歪ませるオーバードライブやディストーション、コーラス隊のように複数のベースで同じフレーズを弾いているような厚みをつけるコーラス、反響音を付けるディレイ、残響音を載せるリバーブなど、いろいろな種類があります。 エフェクターの種類については、エフェクターメーカーのサイトなどを見て、調べてみるのがよいでしょう。 メーカーによっては、サイト上にサンプル音源を上げているところも多くありますので、実際に耳でどういったものかを確かめることもできるでしょう。
接続に関しては、基本はベースからエフェクターにつなぎ、アンプに送るという形になると思います。 エフェクターを複数つなぐ場合の、エフェクターの順序については、効果がかかる順番を整理して、得たい効果に近づける順序に接続することになりますね。
なお、エフェクターを使うと、少なくともそのエフェクターの数だけ、シールドの本数を追加する必要があります。
ストリングスワインダーについては、先端のポケットにペグをはめ込み、クランクを回す要領でハンドルを回し、ペグを回転させる物になります。 弦交換の際に、弦を外したり弦を巻き上げたりなど、ペグを何回転もさせるような場合にこれを使うと、指でペグをつまんで回すよりも随分と楽になるでしょう。
ベースに付属した六角レンチについては、アジャスタブルトラスロッドを回すためのものだと思います。 太いレンチであれば、ネックの反り調整用のトラスロッドを回すためのレンチでしょう。 これであれば、トラスロッドを回す物ですので、ネック反りの調整の時に使用します。
小型のレンチも付属していたとしたら、そちらはブリッジサドルのコマの高さを調節するイモネジを回すためのものか、あるいはブリッジそのものの高さを調整するためのものだと思います。 こちらは、ブリッジでの弦高を調整する時に使います。
他にも付属している六角レンチがあるとしたら、それに適合した六角レンチで回すネジがどこかにあるでしょう。 ベース本体をくまなく見てみて、その六角レンチがはまるネジがあれば、それのためのレンチですので、本体のどこかに径の合うネジがないかを探してみると良いと思います。
参考になれば。