ケースバイケースになります。
まず、公認野球規則上では
「3・16打球または送球に対して観衆の妨害があったときは、妨害と同時にボールデッドとなり、審判員は、もし妨害がなかったら競技はどのような状態になったかを判断して、ボールデッド後の処置をとる。」
とあります。
つまり、観衆が妨害したと認められた時点で試合は一旦止まります。
そして、観衆が飛球を捕えようとする野手を明らかに妨害した場合には打者にアウトが宣告されます。
公認野球規則の例だと
「一死走者三塁、打者が外野深く飛球(フェアかファウルかを問わない)を打った。観衆がそれを捕球しようとする外野手を明らかに妨害した。審判員は観衆の妨害によるアウトを宣告した。その宣告と同時にボールデッドとなり、審判員は、打球が深かったので、妨害されずに野手が捕球しても捕球後三塁走者は得点できたと判断して、三塁走者の得点を認める。本塁からの距離が近いほんの浅いフライに対しては、妨害があっても、このような処置をとるべきではない。」
つまり、審判はその妨害行為があった時点で起こりうるプレーを
判断し、それを認める必要があるわけです。
当然ながら野手がフェンスを乗り出して捕球しようとする状況が考えられます。
その場合当然観客が妨害しようとするケースが考えられます。
しかし公認野球規則では妨害とは認められません。
なせならば、野手は危険を分かってやっているとみなされるからです。
ですからご質問に答えるならば２塁打ないしは３塁打ということになります。
ランナーも同じ数だけの安全進塁権（つまり妨害なく進む事ができる）を
与えられるということになるでしょう。
