別に、問題はありませんが防犯上お勧めしません
PS参考に、なるかと思い参考サイトを添付します
(一部抜粋)
Q ETCカードの抜き差しは、いつ行えばいいのですか。
A 走行前に車載器に確実に差込み、クルマを降りる際に抜き取ってください。走行中の抜き差しは危険ですので、絶対におやめください。また料金所直前に抜き差しをすると誤作動やデータ消失の可能性があり、最悪の場合ETCカードが使用できなくなることもありますのでご注意ください。
※差し込み不良によるデータエラーが報告されています。ETCカードの抜き差しは確実に行ってください。
Q ETCカードは、必ず抜き取らなくてはいけないのですか
A ETCカードはクレジットカード同じ性質を持っています。防犯上からも車内に放置しないでください。また放置すると、車内の熱などがETCカードに悪影響をおよぼし、データエラーの原因となることもあります。