ＣＩＡは主に国外における情報収集と非合法工作活動（表向きは行っていないことになっている）を行う部署で、大統領の直属です。指揮系統としては、ＣＩＡ長官は大統領の下部にある国家安全保障会議の臨時メンバーであり、国家情報長官の指揮下にあります。
局員には特殊部隊の出身者などがスカウトされる場合もありますが、主な業務が情報の収集と分析なので、いわゆる「戦力」というのは有していません。必要に応じて大統領に助言し、武力が必要な場合は軍の協力を仰ぎます。
ＦＢＩは連邦捜査局と云われるように、合衆国内において独立性が高い各州警察の枠を越えた、広域捜査を行うのが主な目的で、テロなどを含む国内の需要犯罪捜査を行っています。ＣＩＡと同様に、国家情報長官の指揮下です。
ＳＷＡＴなどの特殊部隊もありますが、力業が必要な場合は所轄の州警察か州軍を使います。
テロなどが関与する場合の国家安全保障会議には、ＦＢＩ長官が臨時メンバーとして参加することもあるようです。
ペンタゴンは俗称で、正式には合衆国国防省ですね。国防長官は前述の国家安全保障会議の正式メンバーです。アメリカ軍における文人・軍人組織を総括管理する所です。
当然その下には、世界最大規模を誇るアメリカ４軍が控えています。ただし、具体的な軍事活動については、大統領の許可が必要となります。
政治的な組織として、大統領に一番近い存在は、国防長官でしょう。以前ならばＣＩＡも大統領の直轄組織であり、表に出ない国際情勢等についての助言をする立場にあったため、政治的な影響力はかなり強かったようです。
戦った場合、というのはあくまでも仮定の話でしかないので、状況にも依るでしょうが、単純に戦力だけを比較すれば国防省でしょう。
ただ、情報戦を仕掛けられて、適正な戦力配置が出来ない様にすることが出来れば、ＣＩＡやＦＢＩにも勝機はあるかも知れません。
ちなみに、ＣＩＡ長官はかつては中央情報長官を兼ねていましたが、2004年以降は国家情報長官職が新設され、ＣＩＡ長官は中央情報局長官に専念することになりました。
国家情報長官は、アメリカ国内におけるあらゆる情報組織（ＣＩＡ、ＦＢＩ、その他国防省情報局など）を統括する役職です。
