>説明書にはカーステレオ裏にあるバッテリー線に接続と書いてあるのですが、それがどこにあるのか分かりません。
オーディオは社外のオーディオでしょうか？だとすれば、配線に「常時電源」や「バッテリー電源」「BATT」などと書かれている線があると思いますので、それがバッテリー線です。（純正オーディオだとそういった記載がない場合があるので）
イエローハットやオートバックス等で販売されている社外のオーディオ配線はこういった電装品の拡張のことも考えて、配線が分岐されているものが発売されています。
配線加工の知識がないのでしたら、カー用品店で社外のオーディオ配線を買ってきた方がいいでしょう。
>あとボディーアースの位置も分かりません。
ボディーアースは、ボディに止めてあるボルトに線をつなげればそれでアースを取れます。
簡単に言えば、アースは自動車の金属部分であればどこでも取れます。
但し、オーディオの周囲等はボディーアースと関係ない（絶縁されている）車もあります（ワゴンRは未確認）ので、面倒でもフロアなどにアースを取りに行くのがいいでしょう。お勧めは、前席のキックパネルの裏です。（純正のアースポイントがありますので）
LED間接照明なので大して電気は消費しませんが、安全を考慮して配線の途中にヒューズ（1Aくらいで十分）を設けた方がいいですよ。
