JR在来線から新幹線を利用する場合の乗車券の購入
JR在来線から新幹線を利用する場合の乗車券の購入について教えてください．
以下，長文ですいません．
先日，自宅最寄りのJR在来線の駅（Ａ駅とします）から仙台に行く際，東京－仙台間の新幹線特急券だけ「えきねっと」で事前予約しました（発券はしていない状態）．
Ａ駅から仙台駅までの乗車券は，以下２つの買い方があり，方法２が，若干，安いことは知っていました．
方法１：Ａ駅－仙台間を通しで購入．
方法２：Ａ駅→東京都区内の入口駅，東京都区内→仙台を分けて購入．
そのため，以下を考えていました．
・Ａ駅をsuicaで改札して東京駅まで行く．
↓
・東京駅構内の自動券売機で「えきねっと予約」していた新幹線特急券を（東京都区内からの）乗車券付きで購入・発券する．
↓
・Ａ駅で入札したsuica＋発券した新幹線の切符（特急券＋乗車券（東京都区内→仙台））で新幹線へ改札（改札の際，suicaからは自動的に「方法２」で計算されるとJRのサイトには記載がありました）．
ところが，「えきねっと予約」を発券しようとしたところ，乗車券付きで購入出来ず，一旦，特急券だけで発券した後，Ａ駅で改札したsuicaを使って仙台までの乗車券を購入することになったのですが，「方法１」で精算されてしまいました．
（特急券のみでえきねっと予約していても，発券時に乗車券付きで購入できることは何度もやっていて知っていたのですが，今回，初めて駅構内で発券したところ，乗車券付きで購入できませんでした）．
今回の場合，「方法１」で精算できる方法はなかったのでしょうか？．
例えば，以下の方法だったら，「方法１」での購入が可能だったのでしょうか？．
・「えきねっと予約」時に，乗車券付き特急券で予約しておく．
・Ａ駅を改札する際，suicaではなく，Ａ駅→東京都区内の入口駅までの切符を利用する．
自宅からＡ駅が遠く，しかも，Ａ駅にはえきねっと予約を発券できる券売機が設置されていないため，乗車当日に発券したいのですが，方法１にするには，事前に新幹線の切符（特急券＋乗車券）を発券して利用するしか方法はなかったのでしょうか．
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