元看護師です。まず、この回答は診察や診断ではなく、あくまでも私見である事をご了承下さい。一見すると、『スプーンネイル』のように見えます。「貧血」に出る症状です。アッカンベーをした時に、通常は赤い下まぶたのウラが白っぽくないですか?
「爪に穴」は、爪水虫も有りえます。手の指に現れる事は少ないですが、ゼロではないです。「白い斑点や縦線の傷(模様)」は、(程度によりますが、多少なら)健康な人でも見られます。気になるようなら、爪磨き(バッフイグ)で、いろいろ(やり方やグッズ等々)出てきます。
原因を知りたいのなら、まずは『受診』だと思いますよ。「ペンを持つと痛くなる」という実害があるなら、なるべく早く医師に相談した方が良いと思います。