他の方も書かれていますが車検なんてその時の車の状態が保安基準に合致しているか、保険や税金がきちんと納められているかの確認をしているだけです、従って日帰りなどの代行車検だとそのままで通すだけの所も多いと聞いています。
もちろん車検通した直後や翌日にトラブルになることも考えられます、もっとも機械物ですからきちんとした整備工場で見て貰って車検を通しても時にはすぐにトラブルを経験する可能性は有りますが確率はほとんどゼロに近いくらい低くなると思います。
９万キロのっている軽と言ってもメーカーや車種に寄りますから一概には言えないけどタイミングベルトを使用している車であればそろそろ交換をしないとトラブルに遭う確率も高くなるしもしタイミングベルトを交換するならついでに交換した方がよいパーツも有ります。
質問内容では余りにも漠然としているけど知識が有って自分で足しようの整備が出来るような人ならこのような質問はしないと思うので昔から出入りしている整備工場が有るなら見積もりを取ってその際に色々と質問して（知識を増やすために）納得の上で点検や整備をして貰いましょう、その後ラインに行くと思いますが（町工場レベルなら持ち込みだと思います）整備工場などは明らかにやばそうな所を見つけたらきちんと整備しますし時には２年持ちそうにないと思えば予防整備もします（事前に相談して連絡を貰うなど）もちろん高価な整備も有りますしその内容により・・・決して外観だけでは解らない部分が有ります。
知識が有れば自分で点検して自賠責をきちんと掛けて重量税などを用意して軽の検査協会に出かけて書類を書いてラインを通る（書類代やラインに入るのに検査費用など必要ですがたかが知れています）今の検査料はいくらかはっきりと知らないけど書類も含めて２千円でおつりが有ると思う（重量税や自賠責は別ですよ）もちろん不具合が有れば再検査に成るしラインを通すのも多少のこつは有りますが（ＦＦやフルタイム４ＷＤは特に）でも昨今はユーザーが多いため親切に教えてくれるはず（軽は久しくラインに行かないので現在の様子は少し疎いです）
そのような車検後のトラブルやラインの手間暇を考えてきちんと点検整備をプロに任せてその後を安心してのるかすべて質問者の責任で行うかですその差が費用として出ていると考えたら解り安いかも知れません。
ユーザーがラインに行こうが（無点検無整備で）整備工場が行こうが法定費用は必ず必要でそれ以外の部分が点検整備で有ったり代行手数料等です（この中にはテスター代なども有ることも）
