このアニメは、色々とタイムパラドックスがある作品ですね。
１．パラドックスです。未来においてはゴート自身がジャイロジェッターを暴走させるウィルスによって戦争で荒廃してしまっており、未来の悪になった自分が過去にもどってウィルスをばら撒いたなどとは知らない研究者だったゴートの元に、子供のカケルくんが最初に未来に飛ばされたため、ジャイロジェッターの改造などを手伝ったのに、ハルカを死なせてしまったと勘違いした為です。
２．轟カケル本人が大人になった未来でロゼッタストーンに記したわけですから、自分の友達が選ばれしドライバーだと知っているわけですので、そう記したのでしょう。
子供のカケルはりんねちゃんやミチノリ達が一緒に戦った仲間だと知っていますので、彼が大人になったら記す事が出来るわけです。
３．トーマが一度敗れたあとに放置されたので、自分も切り捨てられたようにも思ったのと、最後のジャドーのやりようがあまりにも酷かったのでついていけないと思ったのではないでしょうか。
カケルが未来に飛ばされる→ゴード（善）にジェッターを改良してもらい過去に戻る→ハルカが死んだと誤解され、ゴード（悪）になる。→ゴード（悪）は過去に戻る→ゴード（悪）過去でジャドーらとウィルスをばら撒く→未来のジェッターは暴走し戦争になる。→ゴード（善）と大人のカケルらによって抵抗運動が続き、過去にロゼッタストーンを送り込む計画が実施される。→大人のカケルが不在の時に過去から子供のカケルとりんねがタイムスリップしてコード（善）のところに来る（最初に戻る）
という流れなので、どうしてもタイムパラドックスが発生してしまっているのです。
