私がいいと思ったのは、「エイリアンに世界が侵略されるストーリー」です。設定や物語の流れなども考えやすく、尚且つ選択肢がいっぱいあると思います。
参考までに、ひとつひとつに意見を言わせて頂きますね。
1.日本がゾンビの巣窟になるストーリー
>日本が舞台ではありませんが、バイオハザードに類似してしまう可能性があります。
2.エイリアンに世界が侵略されるストーリー
>独自の世界観を作り出すことができれば面白いと思います。「世界が侵略」とのことですので、かなり壮大な物語になると思われます。その上で、主人公が物語の中心人物になるためには、主人公が物語の鍵を握らなければなりません。主人公に何らかの価値があると物語も作っていきやすいです。(例:エイリアンの言葉が分かる、など)
3.変な場所に隔離され、復讐されるストーリー
>隔離された場所が無人島、とかならありですが、鍵がかかって出られない部屋、とかならそこから動くことができないので物語の展開が難しいと思います。
4.時を超えて、自分と友達の過去を変えるストーリー>友情ものっぽいですね。時を超えてしまうほど「どうしても変えたい過去」であるならば、感動的な物語になるんではないでしょうか。
5.少年犯罪がテーマのストーリー
>少し話が重くなってしまいそうです。どんな年齢層に向けて書くのかによって、どんな少年犯罪なのかも決めなければならないと思います。
6.何らかの理由で選ばれた10人が、殺し合いを強制されるストーリー
>選ばれた10人の過去に何らかの繋がりがあるか、10人に共通する何かがなければ成立しません。
7.隔離された場所で、追撃者から3日間逃げるストーリー
>長編にするなら3日間をどれだけ濃く書くか、ですね。主人公の心理や恐怖感、感情などをうまく表現できればいいと思います。
