質問の趣旨がよく分かりません。
まず、震災援助金とはなんでしょうか。あまり使わない言葉ですが、日本赤十字が例示されているので、多分、災害義援金のことだとして事実を検証します。
災害義援金の大部分は、日本赤十字と中央共同募金会への寄付の形をとります。ここで集めたお金はすべて、募金趣意書に明記されているように都道府県の配分委員会に送られ、ここで被災者に贈られます。ただし、今回は復興が長期にわたることを考慮して、NPOなど財政基盤が脆弱な市民団体にも配分することもあると伝えられています。いわゆる外郭団体が、義援金を受け取ることは、今の段階では考えにくいと思われます。(最終的に義援金を清算すると、いろいろな事情で剰余金が出ます。この処理も都道府県配分委員会の仕事ですが、委員会はそこで解散するので、被災住宅再建助成などのお金を外郭団体が一時預かりする場合がありました)。
いずれにせよ、日赤と共同募金会は義援金の受け入れ機関ではなく、中継機関です。また、役員や職員の大半が天下りという事実はありません。もちろん、事務経費や配分に擁する経費を義援金から支出することもありません。
民間が独自で集めている義援金は、日赤などに送る場合もあれば、独自に配分委員会を設ける場合もあります。それぞれ、募金趣意書に記載されています。これが不確かだと、税金の寄付控除や、金融機関の送金手数料免除が受けられないので、すぐ分かるはずです。
なお、義援金も寄付のうちに含まれますが、通常の寄付は、その団体の事業に賛同して団体に贈るお金を指しているので、その一部を団体の運営経費に充てるのは別に問題ではありません。ただし、今回のユニセフ協会のように、全額を被災地の子供たちのために使うと明記している場合は例外でしょう。
税制上、有利な取り扱いを受ける非営利団体の経理内容に公開性、透明性、説明責任が求められるのは当然ですが、その具体的なガイドラインは、今回、抜本的に改訂された公益法人認定制度が参考になると考えられます。質問者が、これでは不十分だといわれるのであれば、具体的に指摘された方が分かりやすいと思われます。
補足
日赤は典型としてあげたまで。 「義援金の受け入れ機関ではなく、中継機関」の場合に、配分については触れていません。 そこに価値判断は入りませんか。 そこの公開性、説明責任は?