ジャンルとして、
芥川賞は、純文学作品を対象とした賞
直木賞は、大衆文学（娯楽作品）を対象とした賞
という違いがあります。
また、新人賞という扱いではあるのですが、両者は既にプロとしてデビューしている作家の、発表された作品に対する賞です。
それでも、芥川賞は、文芸雑誌などに載った、という時点でその受賞対象となりますが、直木賞は単行本として刊行されたものに対して行われます。そして、直木賞は、デビューしてかなりの年月を経過した作家が受賞することも多いです。
例えば、先日、直木賞を受賞した中島京子氏は０３年デビュー、その前の佐々木譲氏は１９７９年デビュー、白石一文氏は００年デビュー、北村薫氏は１９８９年デビューとキャリアを積んだ作家の比率が高くなります。
