教会という日本語は2つのものをさします。チャーチとチャペルです。
チャーチとはカトリックの独立した教会のことで、キリスト教信者のための結婚式のみ行われます。
チャペルとはプロテスタントの私的な祈りの場で、ホテルにあるものはチャペルです。
ちなみにチャーチにいるのは神父、チャペルにいるのは牧師さまです。
チャーチでは結婚は紙が定めだ人間の義務で、神の前で結ばれた二人は生涯離れてはいけないとされています。
チャペルでは結婚は二人の愛情によって成立し、神の感謝し、神の祝福を受けて結婚をするとされています。
他にも細々違うところがあります。式の進行も違い、チャーチでは決まった式文を神父が読み、チャペルでは牧師の説教を中心に進行します。
普通式場やホテルのチャペルの教会式ではプロテスタントの式が行われていますが、まれにカトリックの神父にお願いして、チャペルでなさる方もいます。
原則としてはいけないんでしょうけど、ケースバイケースで受けているんでしょうね。