元某自動車メーカの開発職です。
※自動車の生産は、多くの場合製造前に（車体番号だけが決まっている段階で）既にディーラへの配分が決まっています。（バックオーダを抱える人気車型だと、車体番号だけで既に販売済となってしまっています。）
故に、製造中や完成後の輸送中に問題が生じた個体を急遽従業員販売に回すという事は、生産管理システム上非常に困難です。
※No.２様御回答の様に、自動車メーカでは納車整備～登録が出来ません（そういう部署がありません）。故にメーカ従業員でも工場から直納でクルマを購入する事は出来ず、従業員販売でも必ず最寄りのディーラを通す事になります。
更に、上述した様に車体番号毎に行き先が管理されているので、『ディーラで店頭に並ぶ前に事故があったから、従業員販売に回しちゃえ』という乱暴な細工が益々出来難くなっています。
※ちなみに。
販売前に（更に言うと、工場での生産中でさえ）キズなどの細かい修正が入るのは、ヒンパンとは言えませんが時々はある事です。
これは爆弾発言かもしれませんが・・・そういう点がイヤだとしても、納車の拒否権はありません（ディーラで修正されたものであればディーラで説明出来ますが、工場で修正が入ったかどうかはディーラでは判りません。メーカでは『完全に修正し、他の商品と遜色ない』と判断して販売しています）。
『カゲでコソコソ修正している』と言う事が納得出来ないヒトは、クルマに限らず大量生産品が買えないだけです。世の中のあらゆる量産品は、ほぼ例外無く、大なり小なりそうやって生産～販売されています。
っというワケで回答としては、
>一般的にディーラーで購入するのと，従業員販売で購入する車両に品質の違いはあるのでしょうか？
全くありません。といいますか、有り得ません。
従業員販売でも、ディーラで購入します。故に一般のお客様に渡るクルマと違いはありません。
>「従業員販売の車両は製造時に傷などの加修が入り，お客様に渡すにはちょっと．．．」
>「ディーラーでは一般のお客様にお渡しする車を引き渡すので問題ナシ」
一般のお客様に渡るからと言って、納品まで全く修正のないクルマになるとは限りません。また、その修正履歴は調査する事が出来ません。
