>奈良東大寺二月堂のお水取りなどがありますが・・・
とありますが、これはカミと仏との関係とは関係ないので無視しますね。
元来、日本の土着宗教は祖霊崇拝からくる精霊信仰でした。八百万の神々といわれる、全てのものにカミ(精霊)がいるという、あれです。
その後、仏教がはいってきましたが、日本に入ってきた時点で既に仏陀の説いた原始仏教とはほど遠いものとなっており、ヒンズーや道教などが混然とした多神教に近い形となっていました。
だからこそ、精霊信仰をしてきた日本人にとっても、日本に伝わってきた仏教は受け入れられやすかったのだと思います。
その後、日本人にとってカミと仏は並列した存在として長く信仰の対象になってきました。
イメージとしては、場所やものを守る「カミ」と、哲学を教え死後の世界の安寧をくれる(原始仏教から言うと間違った考えですが)「仏」という形で住み分けられていたのだと思います。
これは、『「カミ」は祀らねば祟るもの。「仏」は拝めば救われるもの』という形で受け入れられました。
また、日本に伝わった仏教の教えの中で、「カミ」は人間と同じく仏に帰依するという考えがあり、国営の神宮寺が設けられるなど神仏習合が進んでいきます。
特に奈良時代前後には修験道などの山岳信仰や、真言宗など密教系の仏教の中で神仏習合が系統立てられて支配層や民衆にも受け入れられていきます。
ですから、仏教寺院の中に地域を守る「カミ」が祀られたり、稲荷があったりするわけです。
それが、江戸時代中期以降、国学の隆盛とともに天皇と「カミ」とを結びつけた考えとともに神仏分離が言われだし、明治維新とともに神仏分離令によって分けられるようになりました。
ですから双方の関係としては、仏教はカミを認めているが、神社は仏を認めていない関係、といえるでしょうか。