すでに解決されているかも知れませんが、
私の経験から推測されることを書いてみます。
うちも愛猫が３月末に４匹の赤ちゃんを出産しました。
出産後、用意していた段ボール箱に移したのですが…
布団の中に引っ越したり…
他にも用意しておいた別の段ボール箱に引っ越したり…
コタツの中に引っ越したり…
と何度も引っ越しをしました。
この時、１匹ずつ連れて行きますので、
分散して育てることもあるようです。
引っ越しの理由としては２つ考えられます。
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１．温度（湿度）
ご存じかと思いますが、
赤ちゃん猫は一定の温度（25～28度程度）で保温する必要があるので、
１日のうちでも最低気温と最高気温の差が激しいと
日中と夜間（明け方）で最適な場所が異なり引っ越すようです。
うちも朝起きたら１匹だけコタツの中ということもありました。
寒すぎてもダメですし、暑すぎても脱水症状になり危険です。
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２．広さ
母猫が居る場合、これが最大の悩みなんですよね…。
少なくとも私にとっての最大の悩みはこれでした。
猫は狭い所の方が安全と感じるので、狭い方が良いのですが…
狭すぎると授乳やグルーミング、排泄を促す行為ができないようです。
ご存じのように猫の乳首は８つあり、
子猫は生後２，３日もすると自分専用の乳首を決めます。
頭に近い方の乳首は前足が邪魔になり、子猫がうまく吸い付けません。
また、授乳中にグルーミングを行ったりする時は母猫が上体を起こすので、
なおのこと前足に近い乳首に吸い付く子は飲む機会と時間が減ります。
うちのも最もお尻側にある乳首に吸い付く子は最も体重が増加し、
頭側にある乳首に吸い付く子は最も体重の増加が少なくなりました。
更に１匹だけ飲み始めても他の子は寝てる時もあるので、
母猫はその子達を起こして吸わせようとします。
また、仰向け気味にならないと左右どちらかの乳首にしか吸い付けません。
（母猫が左向きに寝てるなら、左側の乳首には吸い付けません）
ということで…
一度に全員に吸わせるには体をいっぱいに伸ばして、
前足、後ろ足も伸ばす広さが必要です。
更にグルーミングや排泄を促すためのスペースも必要です。
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質問者様の場合は後者の「広さ」の問題かなと思いました。
狭いから一度に全員に飲ませられない…
だから１匹だけ分散させておこう…
とでも思ったのかも知れません。
あるいは最近は暖かいので、
密集していると温度が上がりすぎて危険だと思ったのかも知れません。
ただし、１匹だけ移動させたまま忘れてしまうこともあるので、
なんとか一緒にさせたいところです。
うちの場合も間違って踏んづけたりしないように
なんとか段ボール箱で飼育したかったのですが、
「猫のことは母猫が最も知っている。
母猫が直感的に引っ越すのが最も正しいのだろう」
と思い、好きにさせることにしました。
ただしTVの裏等、
明らかに全員一緒に面倒見れないだろうというところからは
強制的に戻しましたが。
結局、コタツの中が最も快適なようで、
生後２週目ぐらいからはずっとコタツの中で育てていました。
（４月初旬の話なので今の気温だと暑いかも知れません）
なので、対策としては「広めの段ボール箱を用意する」でしょうか。
広さや深さが違うものをいくつか用意しておくのがベストだと思います。
あるいはコタツの中や、押入の中にスペースを用意してやる…
といったところですね。
以上、あくまで経験からの推測ですが、
もしもご参考になりましたら幸いです。
大変ですが頑張ってくださいね！
お礼
一度巣に戻したらすんなり受け入れてくれました。一体なんだったのでしょうね？ とにかくありがとうございます。