自分の頭でいくら考えても、出てこないことが多いと思います。全然、分野は違いますが、「仕事で必要なプログラムのロジックをどのようにするか？」って、考えることがあります。独自の素晴らしいアイデアが考えて出るか？といえば中々難しいです。
で、アルゴリズム集という本を見て、その中のものを組み合わせたり、切り貼りして、必要なロジックを作ります。
できあがったプログラムを見ると「自分の頭だけで考えていたら、絶対これはできなかった」と思えますね。
他の回答者の方も書かれているように、
１）古典や名作といわれるものを多読してみる
２）仕事関係のこと、自分の業界とか会社について深く調べてみる。話を聞く。「ネタ集め」のためにバイトする。派遣等で働く。
３）趣味・スポーツネタなら自分で入門してやってみる。
４）宗教ネタを得るために、「体験入信」してみる。素質があれば、霊界ネタが得られる。
（友人は霊界通信ができるので、いろいろ霊界ネタを聞くのですが、知人やペットの猫ちゃんが旅立つときの霊界通信は「これ、マンガのネタにしたら売れそう」と思うことがありますね。）
５）ネタ帳とペンを常に身につけておく。寝る前には枕元に置く、お風呂でも書けるように、耐水性のペンと紙を用意。ペンの調子が悪いことを考えて、常に２本持ちあるく。
マンガの分野じゃあありませんが、ＩＢＭのプログラマとして働いたあと、コンサルタントになり、多くの独創的な書籍を書かれている「ジェラルト・Ｍ・ワインバーグ」の「ワインバーグの文書読本」という本に書かれている「自然石構築法」が参考になると思います。
それから、少女マンガのＳＦ作品では、「魂の伴侶」的なネタを見ることがあります。超古代文明のひとつであるアトランティス関係の本を読むと、「１つだった魂が２つに別れた」とか、地上に生まれるとき、常にもう一つの魂が肉体を持たずに付き添ったとか、長老、アンドロイド、キマイラ、他惑星から移住した人々、アトランティスを救うクリスタルパワーとそのクリスタルの嘆きなど、ギリシャ神話のネタになったようなこともイロイロと書かれてますね（クリスタルと聞くと、セラムン・・・）。この手のいわゆる「トンデモ本」も参考になると思います。ＵＦＯ同乗記などで有名な、ジョージ・アダムスキー氏の全集（全１０巻＋別巻）もお薦めです。
なお、里中満智子先生や、やぶうち優先生など、「マンガの描き方」を教える作品を書かれているマンガ家も多いので、それらの作品とかビデオを見るのも良いと思います。
