古いPCの場合は常に全力で動いてますが、最近のPCなら節電機能があります。
節電機能があるPCの場合、CPUやGPUに負荷を掛けると消費電力が増えます。
iTunesは圧縮するとき以外はほとんどCPUを使いません。WMPも似たようなものでしょう。ビデオを出すとその分食いますが、SDなら最近のPCは再生支援がありますのでCPUの負荷は僅かです。
iPodの充電は、もちろんその分の電力消費が増えます。無い袖は振れません。(エネルギー保存の法則です)
節電でお勧めなのは、省電力型のディスプレイやコンパクトなノートPCを使うことです。デスクトップはCPUやGPUが節約してもチップセットがダメなのでアイドル状態でも30W位は消費しています。コンパクトなノートはバッテリー駆動時間を気にしてあらゆるところを省電力に作っているため10Wを切るのが普通です。
また、デスクトップの電気代という意味では、効率の高い電源を搭載したPCにすると、その分消費は少なくなります。省電力型の電源はスタンバイ時の消費電力も少ないです (カタログに表れない部分ですが)
iPodだけのためにPCをオンにしていると、かなりもったいないことになってますので、専用充電器を買うのも手です。気をつけててスイッチを切ってるならたいした問題ではないとは思いますけど。
わたしは、なるべく省電力に設定したノートで充電したりしてますが、このPCは24時間運転のサーバーも兼ねてますので、、、
質問とは違いますが、寝るときにはスタンバイにしないで終了し、さらに元の電源も切るようにすると3~5Wの節約になります。長時間に渡るので節電効果は高いです。また、アナログのアンプなどは無駄がわかってて流しっぱなしになる電流が避けられないため、これも入れっぱなしにすると結構な暗電流が流れてたりします。ACアダプターも同じ。