基本的に
企画(予告演出、リーチ演出等を考える)
↓
動画の引き抜き(必要な演出等の動画や静止画をキャプチャ)
↓
動画の編集(エフェクト入れもここで。)
↓
図柄作成(数字レイヤー作成、キャラの切り抜き、下地作成→合成)
↓
組立(図柄を変動させる。変動方法はFLASHで作成なり、色々と方法があるみたいです。)←ここが一番困難。
ソフト
動画、静止画キャプチャ→カハマルカの瞳(無料)
図柄作成→PictBear(無料),Adobe Photoshop(有料)etc..
動画編集→WindowsMovieMaker(無料),Adobe Premire(有料),Vegas(有料)etc
エフェクト→Adobe After Effects(有料),Particle Illusion(有料)etc
まだ、探せばフリーソフトも沢山ある気がします。
当然ですが、有料ソフトを使えば当然クオリティーも高くなります。(作者のセンスにもよりますが)
おまけに3D制作の知識もあればもっとクオリティーが高くなります。
Adobe製品とか正直高くて買えないと思いますんで安い有料ソフトを見つけるか、フリーソフトで作るのが妥当かと思います。
図柄作成に関しては、Photoshopの体験版ですぐに作ってしまえばクオリティー高く、かつ無料で制作できるかと思います。
2chに作者集まってそうなスレあったんで貼っておきます。
ここで聞けば詳しい人が教えてくれるかも