印刷所ごとにデータの規定が違いますので、その印刷所に確認を取るのが良いと思いますよ。
どちらでもＯＫの場所でしたら、基本的にどちらの形式で入稿しても完成に影響はほとんど出ないと思います。
私の場合は、グレー（完全な黒では無い部分）が残らないように一度２階調に落としてから入稿をしています。
また、グレースケールがＯＫとあっても、大抵の場合は白黒完全原稿での入稿です。形式がグレースケールでも原稿内に「灰色」の部分が無い様に作ります。
この際グレースケールのデータの中にグレーの部分（２階調では無い部分）が含まれて居ますと、印刷時は自動的にそれを２階調に変換しますので、場合によっては画面で見ていたイメージと変わることもあります。
パワートーンにも、時々Webコミ用として２階調ではないトーン（グレースケール）が含まれていることがあります。そういったものを使用してるのでしたら、一度２階調に落とした方が良いですよ。（ブラシで影をつけている場合なども同じです）
データ内に白・黒では無いグレーの色があると、場合よっては黒いよごれとなって出たり、白く飛んでしまったりします。
気になるのでしたらモノクロ２階調に変換してから一度プリンタ出力して確認をすると良いかもしれません。
線画にグレーが混じっていると主線が網点になって出力されてしまうことがあるので、お気をつけ下さい。
