Programfiles内のデータが全消失

質問

先日"Invalid system disk"で始まるエラーメッセージが表示され、
PCが起動しないという事態に陥ったのでMBRの修復を行いました。
ですがそれだけではWindowsは起動出来なかったので、
それに加えシステムの復元も行いました。
その結果とりあえずWindowsは立ち上がる様にはなったのですが
何故かProgramfiles内のデータが全て消えてしまいました。
Cドライブの容量を確認したのですが消える前とほぼ同じ数値でした。
データが消えたのか残ってはいるもののそれにアクセスが出来ないだけなのか・・・。
何とかデータを復元したいのですが・・・何か方法は無いでしょうか。
分かりにくい説明で申し訳ありませんが、よろしくお願い致します。

補足：
マイドキュメントの中身も消えていたのですが何故かデスクトップにあったファイルは全て無事でした。
ソフトウェアのインストール、起動は出来ます。

回答No.2

goold-man

NO1
失礼しました。訂正しお詫びします。
誤：書くしファイル
正：隠しファイル

回答No.1

goold-man

見えないだけでしょう。
「コントロールパネル」「フォルダオプション」「表示」「すべてのファイルとフォルダを表示する」にチェックを入れ、その下のか「書くしファイルとフォルダを表示しない」のチェックをはずす。

下記は上記で表示されない場合のみはずしてください。
「コントロールパネル」「フォルダオプション」「表示」「保護されたオペレーティングシステムファイルを表示しない（推奨）のチェックをはずす。

どちらも元の戻す方が安全です。

補足

迅速な回答ありがとうございます。
説明不足で申し訳ありません。
IE等のプログラムを立ち上げようとすると
「リンク先が見つからない」とでて起動出来ないんです。