言語については、他の方々が書かれているので、そちらは省きます。
さて、言語についての違いですが、PerlとJavaについて書きますので、
よろしければ、参考にしてください。
1.Perlについて
Perlという言語は、インタプリタ言語なので、プログラム自体は、
テキストファイルに書いて、それをサーバ側に転送した後、実行形式に
パーミッションを変更してあげれば、サーバがPerlの動作を許可している
限り、特に問題なく動作させることが可能です。しかし、インタプリタ
言語なので、実行に時間がかかり、回線の細い方には、ちょっと快適には
使用することが出来ないでしょう。しかし、プログラムを作成するには、
比較的簡単（他の言語に比べて）なので、初心者の方には、取っつきやすい
かもしれません。もちろん、それなりの努力が必要なのは、諦めてください。
Perlを勉強なさるのでしたら、結城 浩さんが書いた「PerlによるCGI入門」が
お奨めです。この方は、確かご自分でWebサイトを持っていらっしゃるので、
検索エンジンか何かで探してみると見つかるはずです。もしくは、過去に
私が他の方に紹介をしたので、それをOKWebから探すのもいいかもしれませんね。
さて、もう少しPerlでのプログラムについて書くと、Perlはサーバ側で
実行した上でHTMLを出力しているため、Proxyなどを通されてしまうと、
荒らされた場合の探索が出来なくなります（やろうと思えば出来るけど）。
また、長所としては、HTMLのタグを使用できるチャットプログラムなんかも
比較的簡単に（タグを使用できなくする方が面倒）作成できるので、
画像などを張り付けたいというチャットであれば、Javaは使用することが
出来ません。
2.Javaについて
Javaはそもそもネットワーク用に開発された言語なので、昨今言われて
いるような危険という意識は、きちんとプログラムを書けば問題はないはずです。
しかし、C言語のようなコンパイルされたプログラムではなく、半コンパイル
されたものなので、チャットをする人のマシンの状況によって、限りなく
遅いものにもなります（結構負荷がかかります）。それにクラスの概念も
結構理解するのが大変なので、勉強には時間がかかります。また、Virtual Machine
（以下VM）をインストールしていないと、まったく実行することも出来ないので、
もしJavaによってチャットプログラムを書くのであれば、その前にVMをインストール
するように指示しなければならないでしょう。
＃ディフォルトではInternet Explorerではインストールされません。
しかし、長所としては、実行がローカルなPC上で行うため、Proxyを通しても、
通さなくても、現在接続しているIPアドレスが取得できるので、荒らされたときの
探索は簡単に出来ます（これを知らない荒らしも多い）。
とまぁ、どちらにせよ、プログラムを作成するにあたって、バグなどをきちんと
除去しないと、サーバを提供してくださっているプロバイダにも、実行する
ユーザにも問題が発生しますので、十分注意してください。
間違いがありましたらご指摘ください。
ではでは☆
