まず、業務利用であればフリーソフトの利用は何かと問題になる可能性がありますので、企業のセキュリティポリシーに従ってください。
・UPSと連携したければUPS添付の電源管理ソフトウェアを使用する。
・OS標準機能だけでシャットダウンしたい場合は"shutdown.exe"を使用することが多いです。ただし、Windows Server2003では標準で入っていますが、Windows2000Serverには標準で入っていないのでリソースキットの"shutdown.exe"を使用することになります。(ライセンス、サポートに問題がなければ2003のものを流用できそうですが詳細は不明)
3分後にシャットダウンしたければコマンドプロンプトから/tスイッチを付けて実行、シャットダウンをスケジュールしたければタスクに登録すればよいかと。構文については shutdown /? で確認してください。
・サーバーがターミナルサービス環境であれば、"tsshutdn"コマンドを利用するのもよいです。(2000/2003)
構文については tsshutdn /? で確認してください。
最後に、本番でやる時はちゃんと検証してくださいね。