チップセットや、他のインターフェースが同じであっても、別の製品であれば、ベンチマークソフトを使えば差が出ます。
ただし、体感できるほどの(演算)性能差はありません。
でも、耐久性や細かな制御機能が異なるので、演算性能以外の性能で体感できる差が出てくるでしょう。
例としては、各チップの温度管理やファンの管理、オーバークロック、BIOS保護機能などです。
当然チップセットやインターフェースが異なれば体感できる差が出ることもありますが、人間の曖昧な感覚では誤差の範囲かもしれません。
※ベンチマークでは明確に差が出ます
あとはM/Bと相性の悪いパーツをつけると、恐ろしく性能が下がる事がありますが、BIOSアップデートで解消されたりするので、相性というより不具合の部類に入るような気がします。
※不具合が出ないことも性能なら差が出ることになりますね。