「お気に入り」の登録数が多いことが原因(私の認識では、ちょっと考えられないことですが)で、お尋ねのような症状になったのかどうかは、次の方法で確認できます。Windows XPの場合です。
Cドライブ→Documents & Settings→ユーザー名 の順でクリックすると、そこに「お気に入り」というフォルダがあります。とりあえずこれをDドライブ(あるいはフロッピーなど)にコピーしてください。右ボタンでドラッグして「ここにコピー」です。Dの「お気に入り」フォルダを開いて、そこに「お気に入り」の内容が収容されていることを確認してください。
次に、Cのほうの「お気に入り」フォルダを開いて、全選択(全体が反転表示になる)のうえすべてを削除してください。手順は、「Ctrl」を押したままで「A」「D」キーを続けて押します。
これで、「お気に入り」が消えましたので、その状態で、新たな「お気に入り」を登録してみてください。動作が軽快になっていれば、原因はご想像のとおり、登録数が多すぎたことにあると断定できます。登録済み「お気に入り」の件数を減らすなどの対策をしてください。
内容を消してしまった「お気に入り」を元に戻す方法 →→→ Dにコピーした「お気に入り」を、Cの「ユーザー名」フォルダ(ここに空っぽの「お気に入り」がある)に、右ボタンでドラッグして「ここに移動」(すべて上書き)してください。
上記方法でも、解決しない場合(軽くならない場合)は、別の原因です。ディスククリーンアップ、デフラグ(最適化)などを試みてください。Cドライブを右クリックすることで、これらを実行できます。
上記はWindows XPの場合です。Windows Me (98など)ですと、「お気に入り」というフォルダはありません。その場合は、Cドライブ→Windowsとクリックすると、そこにある「Favorites」が「お気に入り」と同じものです。