フラッドヘッドスキャナーの透過原稿ユニット(蓋に蛍光灯が付いてる)と専用のフィルムスキャナーの両方使ってます。
フラッドヘッドですが、どうしてもガラス面に埃が載りますので、多少汚くなるのと、密着させるとニュートンリングという渦巻き状の模様が出ることがあります。
最近のものは赤外線でプリスキャンして、傷や埃を認識して、ソフトで除去する機能がありますが、この機能がないと結構後処理が大変です。
フィルムスキャナーはさすがに専用品なので綺麗ですが、それしか使えないし、高いしで、余り使い出はないですね。
少量でしたら、写真屋さんに頼むのも手です。
フジカラーやコダックの看板のあるお店でしたら、CDに入れてくれます。
透過原稿ユニットのないスキャナーで取り込みたいという質問でしたら、白紙を裏において取り込み、色調反転をすれば・・・とりあえず見る程度は可能です。