おそらくニスの成分とペンのインクの成分の一部が樹脂だからではないでしょうか。
油性ペンの多くは、揮発性油（スーッとする匂いがする）をベースに、色の元となる染料または顔料と、それらを固定する「糊」のような成分として樹脂を用いています。
ちなみに顔料の方が高価なので、ほとんどのインクは染料が使われていると思います。
染料は粒子が細かいので、少量でも多くの色を出せるのですが、顔料に比べて時間が経つと色褪せしてしまうことが多いです。
水性ニスは、水と樹脂分が混ざり合っている状態です。
水と樹脂（油）は本来は混ざり合わないのですが、工業的に水と樹脂を混合する「エマルジョン」という状態（たとえばマヨネーズ）を作り出しています。ですから、液体のときは水に混ざるのですが、乾いて水が蒸発すると樹脂だけになり水に溶けなくなります。
よく水性ニスは液体の状態だと白濁りしているのに、乾くと透明になったりしますが、この白濁りしているのがエマルジョン状態である、ということで、水性ニスは「本来は油性の樹脂を一時的に水に混ぜ込んでいる」ということなのです。
詳しい成分が分からないと何とも言えないのですが、たとえばペンのインクにもアクリル樹脂が使われていて、水性ニスにもアクリル樹脂が使われていた場合を考えてみます。
油性ペンのインクの染料と糊成分としてのアクリル樹脂が、乾いて固まった状態の上に、アクリル系の水性ニスを用いた場合、油性ペンのインクの染料だけが水性ニスのアクリル樹脂分の方に「色移り」してしまっているのではないでしょうか。
＜塗り重ねた層を横から見た模式図＞
水性ニス 水 ／／／／／／／／／／／ → 蒸発して無くなる
樹脂 ーーーーーーーーーーー → 固まる
↑ ↑ ↑ ※ 染料がニスの樹脂に溶けて色移り
油性ペン 染料 ・・・・・・・・・・・ → 樹脂に乗っている状態
樹脂 ーーーーーーーーーーー → 固まる
揮発性油 ＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊ → 揮発して無くなる
プラ板 □□□□□□□□□□□□□□□□□□
上の図のように、油性ペンの樹脂にくっ付いていた染料が、水性ニスの樹脂へと溶け出してしまったのだと思います。油性・水性とは言え、たとえば同じ樹脂を使用しているものの場合や、特定の樹脂同士の相性で、このような状態が起きる可能性はあります。
対策としては、油性ペンかニスを異なる樹脂を使用したものに変えてみるといいです。
もしくは、油性ペンが乾いたら、水性のスプレーニスなどで薄く均一に下塗りを施し、その上から水性ニスで仕上げ塗りをする、という方法もあります。インクの染料の上にスプレーニスで蓋をする、という感じです。スプレーの塗り具合などコツも必要ですし、一手間増えてしまいますが、あまり難しいことを考えなくてもやりやすいと思います。
補足
ご回答有難うございます。 なるほど…そういう事ですか… 他のプラバンやってる方のサイトでは水性ニスは滲まないと書いてあったのでいけるかと思いまして… 対策などご存知でしたらご教授頂きたいです。