こんにちは。
机は主に実用的な物なので、用途に合わせた色選びに迷いますね。ただ、机の用途といっても、それは本を開いて読んだり、手紙を書いたり、ノートを見ながら勉強や調べものをしたりする程度でものすごく限定的です。(安定感があるとはいえ、棚の代わりや踏み台にはしませんから。)
本もノートも開けばそのほとんどは白です。白は明るい色ですよね?。この明るい白い本やノートは、机の上の色を暗い色にすることでとても見やすくなります。目も疲れにくくなります。つまり、机の表面の色と読み書きをする対象物のコントラストのバランスが机に求められる重要な要素になります。
ご質問の場合、木製の机なのですから薄茶色からこげ茶色の塗装をしておけば問題はないでしょう。「じゃあ黒色はどうなの?。」と思われるかもしれませんが、表面が黒い机の上に白い書類を広げてしまうと、コントラストが強過ぎて、これもまた使い勝手が悪くなり目が疲れやすくなります。
しかし、机を実用品ではなく、部屋のちょっとした飾りに置いておくなら黒く塗装をして現代的でシンプルなモノトーンインテリアにすることができます。そのようなわけでモノトーンインテリアにするなら黒、勉強や調べものをするなら薄茶色からこげ茶色の塗装をすれば間違いはないと思います。