ネジ穴ではなく、「フライパンを加熱した際に、取っ手の中の空間に入っている空気が温められて膨張するため、その取っ手内部の空気の圧力を逃がすための空気穴」ですね。
その黒いカスが何であるのかに関しては、候補として考えられるものが複数あり、質問者様のフライパンから出て来た実物を調べる事が出来ない以上、幾つか考えられる候補の中のどれであるのかは判りません。
その穴から出て来る黒いものとしては以下の様なものが考えられます。
・食べ物の汁や粉、油、洗剤等がその穴から内部に入り込んでいて、それがフライパンを加熱した際に焦げたもの
・食べ物の汁や粉、油、洗剤等がその穴から内部に入り込んでいて、それが腐敗したもの
・食べ物の汁や粉、油、洗剤等がその穴から内部に入り込んでいて、それを栄養源として取っての内部で繁殖したカビや雑菌の塊
・取っ手をフライパン本体に固定している長ネジ等の固定用の部品が、取っ手内部で錆びていて、その錆が脱落して粉になったもの(そのまま錆が進むと、錆で脆くなったネジが折れて取っ手が外れてしまいますので、そうなれば修理するよりも新品を買った方が良いと思います)
・取っ手の外で何かが焦げた物の粉がその穴から入り込んでいたもの
・そのフライパンか或いはその他の金属製品を金だわしやスチールウール等の「表面を削り取る物」でこすって洗った際に生じた、金属の粉末がその穴から入り込んでいたもの
