キャパシタの役割は正しく理解されていますか?
それがわかれば答えはすぐ出るはずですが、キャパシタの役割は電源回路に大きな電流が流れたときに起こる電圧の降下をキャパシタに蓄えた電力で抑えるためですから、アンプとキャパシタ間の配線はできる限り低いインピーダンスで接続する必要があります。よって、できるのであればアンプの電源部分に直付けするのがもっともいい方法です。
キャパシタはアンプから見た見かけ上の電源回路のインピーダンスを過渡的な部分で低く保つために入れるのですから、アンプとキャパシタ間の配線はできるだけ太く短くが基本です。したがって、ヒューズブロックとバッテリーの間の配線に入れるよりもヒューズブロックとアンプの間でできるだけアンプに近い位置に入れるのが正しい方法です。ヒューズブロックとバッテリーの間に入れたのでは配線の長さが長くなり、その上ヒューズブロックのインピーダンスまで上乗せされてしまいます。あくまで過渡応答を高めるための措置であり電源の容量を上げるといった考え方ではありませんので、そこをよく考えてください。