>どちらも、グループ分け・カテゴリー分けする際に使っています。
判断基準はこれではない。
HTML5では、常に文書のアウトラインを考えます。
簡単に言うと機械(コンピューター)が自動的に目次を作ると考える。
典型的なHTML構文で解説すると
<body>
<header><!-- この文書のヘッダ -->
<h1>ページタイトル</h1>
<nav>ナビゲーション(headerにあるので多分グローバル</nav>
</header>
<section><!-- 本文 -->
<h2>本文見出し</h2>
<section><!-- sectionの階層でアウトラインを示す -->
<h3>章見出し</h3>
<!-- sectionには必ず一つだけ見出し<h1>~<h6>が存在する(と期待される) -->
<p>記事</p>
<aside>このsectionと直接関係しない補足記事</aside>
</section>
<section>
<h3>章見出し</h3>
<p>記事</p>
<article>
<!-- それ自体が独立してheader,section.footerを持つと期待される完結した記事はarticle -->
<header></header>
<section></section>
<footer></footer>
</article>
</section>
<nav id="content Table">目次</nav>
<aside>
このsectionとは直接関係ない記事
</aside>
</section>
<footer>
</footer>
</body>
DIVに関しては、
【引用】____________ここから
NOTE: Authors are strongly encouraged to view the div element as an element of last resort, for when no other element is suitable. Use of more appropriate elements instead of the div element leads to better accessibility for readers and easier maintainability for authors.
 ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ここまで[4.4 Grouping content — HTML5( http://www.w3.org/TR/html5/grouping-content.html#the-div-element )]より
簡単に訳すと
「他により適切な要素がないときの最後の最後の手段としてdiv要素を使用することが強く推奨される。div要素よりも適切な要素を使うことで、読者のためにはより良いアクセシビリティを、作家にとってはメンテナンスの向上につながる。」
一方sectionについては、
【引用】____________ここから
NOTE: Authors are encouraged to use the article element instead of the section element when it would make sense to syndicate the contents of the element.
NOTE: The section element is not a generic container element. When an element is needed only for styling purposes or as a convenience for scripting, authors are encouraged to use the div element instead. A general rule is that the section element is appropriate only if the element's contents would be listed explicitly in the document's outline.
 ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ここまで[4.3 Sections — HTML5( http://www.w3.org/TR/html5/sections.html#the-section-element )]より
『その記事が、単独でも(header,section,footeを持っているような)脈絡・組織的?)な場合はarticleを使うべき』
『section、(DIVのような)一般的なコンテナ要素ではありません。単にスタイリングの目的のためやスクリプトの便宜のために必要なときはは、div要素を使うことが奨励される。』
この二つを読み比べると、sectionとdivの使い分けが分かると思います。
sectionを使用するポイントは、The section element | HTML5 Doctor( http://html5doctor.com/the-section-element/ )にとても良い解説がある。
・スタイリングやスクリプティングのフックのためだけに使うな。
それには div を使うこと。
・article, aside, nav などがより適切な場合には使うな。
・sectionには、入れようと思えば見出し<h1>~<h6>が自然に入れられるような場合に使え