永住許可云々の前に、まず、「日本の国立大学では留学生は授業料を払わなくてもいい」という点に誤解があります。
日本の国立大学にはいろんな種類の留学生がいますが、授業料を免除があるのは「国費留学生」だけです。
国費ではない「私費留学生」の場合(これが大多数)、国立大学であっても規定の授業料を納め、留学生向けの奨学金に応募して他の留学生との競争によって資金援助を獲得しないといけません。
「国費留学生」は、(1)大使館推薦、(2)大学推薦、(3)国内選考、がありますが、学部留学の場合は(1)です。日本国外の日本国大使館・領事館で実施されます。(2と3は大学院への留学向けで、所属大学の推薦を必要とします)
また、かなり成績優秀な学生でないと選ばれません。
日本に留学する際は「留学」ビザでないといけません。
もし途中で留学ビザ以外の在留資格に変える場合、留学生として受けていた支援(奨学金など)は原則としてストップされます。
永住者でない外国人として日本で生活するのは、いろいろな制約があって、容易ではありません。例えばアルバイトひとつ取っても、決められた時間以上のアルバイトは違法になります。違法行為が発覚すれば、留学生資格を失うだけでなく、最悪の場合は本国送還&日本への再入国禁止などになりかねません。
そういった生活面での制約による困難を少しでも軽減するために、(優秀な)国費留学生にはいろいろと金銭的支援が用意されているのです。
永住許可については、再入国許可を取らずに出国して1年経過すれば、自動的に喪失するはずです。
ただし、再入国の際に大変ですよ。
もし留学許可が降りなかった場合、どうしましょうね。国費留学生でなければ、いまのままの資格で入学するよりも、大変になりますよ。
いまの大学を卒業した後に日本ではなくブラジルで生活する予定ならば良いでしょうが、今後も日本で生活するつもりならば、たった4年間の学費プラスアルファのために、永住許可を捨ててしまうのはどうかと思いますが。
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とても参考になりました、ありがとうございました!