今時は、OSとしてはマルチコアやHTに対応しているのが普通で
たとえば、Linux系OSの場合は、起動時のカーネルオプションなどで規定しなければ
認識されるすべてのコアとHTを使って動作します
(HTを無効にする方法があるかどうかは調べたことすらありませんが)
仮想マシン上であれば、その仮想マシンを提供するソフトで
仮想マシンから利用できるコア数を設定できるはずです。
通常はUbuntuでは、コア数を規定するmaxcpusオプションは付けられていないので
VirtualBox側での制限が無ければ、なんらかの不具合の可能性が出てきます。
なお、現行のUbuntuはGPUの機能を利用したりもしますから
古典的な設計のGUIに比べれば、特に仮想マシンでの動作には不利です。
サーバーとして使うのであれば、GUI操作を基本せず
Ubuntu Serverを導入して使う手もありますし
GUI上の動作評価を行なうなら、早々にUbuntuをあきらめて
軽量版のXubuntuやLubuntuを試すほうがいいかもしれません。
根本的には、Ubuntuの公式の派生版は
共通のリポジトリーを使っていますから
同じバージョンにおいては、基礎部分の管理は同等になります。
Ubuntuで使うソフトとして紹介されたソフトの多くが
同じような手順で、Xubuntu,Lubuntuなどでも導入し動かすことができます。
サーバーとして利用する場合も、仮想マシン上だけでなく
VNCなどのデスクトップの遠隔操作ソフトを利用したり
UNIX系OSらしく、X転送でGUIソフトを利用するといった状況も含めて
軽量版のXubuntu,Lubuntuなどが有用な場合があります。
そういった類似OSを比較する場合にも
仮想マシンは、非常に便利に使えます。