LinuxPPCはわかんないですが(苦笑)
G3/400前期を使ってます。
HDの交換、増設は相性問題が出ることがあります。
(最近のドライブではあんまり聞かないですが)
とりあえず、パーツ屋さんでHDとATA66規格以上のケーブルを買ってくれば装着は可能です。
(スマートケーブルがお勧め。初期モデルだとフラットケーブルでは二台接続できないかも)
メーカーは120GB以下のIBM(HGST),Seagate,MaxtorあたりATA-100(133)のドライブを買っておけば間違いないです。
(ドライブ設定でそのままフォーマット可能)
うちの場合はマスター側は純正、スレーブ側はIBM(HGST)Deskstar180GXP/120GBで問題なく動作してます。
相性問題が発生するようなら、ATAカード経由で接続すればOKです(この方が早い)
この場合でも、純正ドライブはそのまま残しておいた方が良いです。
(トラブル回避のため)
CPUアップグレードカードですが、Sonnet,powerlogix,純正から選ぶことができますが、
Linuxで使うことを考えればドライバいらずのSonnetか純正品を使う方が良いかも。
powerlogixは2次キャッシュのドライバを別途インストールしなきゃいけないので、ヘタするとLinux上で2次キャッシュが動かないかも……。
純正品はロジック上のジャンパ設定を変えて動作倍率を上げれば大丈夫。
(刺しただけじゃクロックは元のまま)
設定はMisticRoomさんあたりを見ればすぐにわかるかと。
あと、G4にする場合は、通称「G4殺し」のファームウエアが入っているので各メーカーのパッチファイルを当てる必要があります。
純正G4の場合は某メーカーのパッチで動くようですが……。