どこから勘違いしてるかイマイチわかりにくいので、とりあえず二次創作とその許可の説明から。
おっしゃるとおり、東方Project制作者であるZUN氏は二次創作を認めています。
この二次創作許可を元に、東方原作の曲をアレンジして歌をつけ、歌い手さんが実際に歌ったのが「東方のヴォーカル作品」です（以下、「東方vocal」とします）
で、当然二次創作として許可された範囲で、
「この東方vocalは私たちが作って、1枚1000円で売ってるCDです！」という様にCDなどで出すと、
それがあなたの言う「権利者の方がUPしたもの」＝「制作物」となります。
この「制作物」には著作権がつきます。
著作権がついているため、このCDの内容を権利者の許可なく複製するのは違法行為です。
逆に権利者本人が「お試し宣伝版として音質下げたのを動画サイトに上げるよ～」としたものなどは
『権利者の方がUPしたもの』。
権利者本人の許可や委託を受けて権利者の代わりに動画をUPしているのなら、
『権利者の許可を得てUPしたもの』となります。
これらは著作権者が許可しているため、合法です。
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で、質問者の質問に立ち返りますが・・・
>権利者の方がＵｐしたものはどこにあるんですか？
権利者さんに聞いてください。
Youtubeかもしれないし、ニコニコ動画かもしれないし、どこかのアップロードサイトかもしれません。
大体ネット上にUPする以上は宣伝でしょうから、権利者のHPなり広告なりがあるはずです。
>どうやって無断転載した中から権利者の方がＵｐしたものをみつけているんですか？
これも権利者次第ですね。
『制作者公認』とかわかるもの掲げていればわかります。
もちろん偽物も『制作者公認』とか掲げるかもしれませんが、権利者本人が見つければアウトです。
著作権違反ですし、お金とろうものなら詐欺行為ですから、それなりに頭壊れてる人じゃなければ
多少はコソコソするでしょう。
けど結局は「ユーザの善意」が頼りです。
悪いユーザが無料で違法UPされた制作物を喜んでダウンロードしているうちはこの手の犯罪はなくならないですし、
権利者が自分の権利を守ろうにも、コストが利益を上回るなら本末転倒です。
・・・イマイチ質問意図がわからなかったので、ピントのずれた回答かもしれませんが、
以上、ご参考まで。
