乗車券は東京まで大丈夫ですので、新幹線を上野で降りて、東京まで山手線で移動するならそのままで大丈夫です。(『東京都区内』→『青森市内』という切符になると思います)
でも、ご質問は、東京駅まで新幹線に乗れるかどうかということでしょうね。
新幹線の場合、上野までと、東京までとでは特急料金が違いますので、差額が発生します。
これを後精算する事も出来ますが、自動改札を通れません。
そこで、特急券は(乗車券も)、買ってから一度までは無料で変更してくれますので、乗る前までにみどりの窓口で変更してもらいましょう。
これで、自動改札で快適に通れます。
追記 特急券は往復割引とは関係ありません(割引になりません)ので、行きと帰りで違う駅を買うこともOKです。乗車券は、東京都区内なら同価格ですので、往復を買っておけばどの駅でも降りることが出来ます。
お礼
ありがとうございます。 なるほど、新幹線は利用できないけど、乗車券では乗れるということですね。 上野で降りたら、またそこから山手線の切符を買わないといけないと思ってました。 ご回答ありがとうございました。