ツメもかからない程度の傷でしたらペンを使う必要はありません。既に回答に出ているように極細目のコンパウンドを使えばよろしいかと思いますが、それすらもまだ使うほどではないような気がします。ただペンで塗った部分を取りたいのでしたら（どの程度塗られたのか不明なのですが）、まずはコンパウンドで擦ってみるのもよろしいかと思います。Holtsなどから、コンパウンドのセット（中目、中細目、細目等の組み合わせ）が出ていますのでこれを購入すると便利ですよ。下の方がおっしゃるように、柔らかい布を使用して下さい。後、不要な部分にコンパウンドが塗り拡がらないように周囲をマスキングした方がいいかも知れません。最初は中細目くらいで試してみて、上手く落ちたら（多分その程度なら傷もとれるはずです）仕上げ用の細目ないしは極細目（セットの一番目の細かい奴）で仕上げて下さい。ただ上手く落ちなくても程々のところでのあきらめが肝心です。擦りすぎると素人では修復不可になりますので（笑）。
後、今回気にしてらっしゃる程度の傷なら、無理に傷を取ろうとせずに傷コートワックスなどを使えば目立たなくなります。勿論ワックスが聞いている間だけですが、やはりHoltsのカラーコートなどをせっせと塗り込めばかなり目立たなくなります。こちらは失敗しても元がワックスですので落とせば元に戻ります。試してみてはいかがでしょうか？
補足
ありがとうございます。 ペイント薄目液は、他の部分に広がらないようにするためにマスキングがいるのですか？ ペンで塗った部分以外はペイント薄目液で塗装が落ちることはないんでしょうか？ よろしくおねがいします。