私も中央線を使っていて、走るほどに遅延がどんどん増大してゆく現象を日常的に目の当たりにしてますが、遅延が増大してゆく現象を観察していて、判ったことがあります。
遅延増大の一番の原因は、駆け込み乗車に対して車掌が寛容すぎることです。
話は簡単です、<発車時刻になったらドアを閉めれば良い>、それだけのことです。
それなのに、定刻を過ぎても、発車しますお急ぎください、とか、駆け込み乗車は危険です、とか放送しつつ、いっこうにドアを閉めようとしない。
次の電車まで間隔が長いなら、待ってあげるのも良いサービスだが、次の電車が数分の間隔で来るなら、待つ必要なんか無い。むしろ、待ってあげたために次の乗換駅で間に合うはずの乗換が間に合わなくなって乗客の怒りが倍増するという、害の方を重視すべきだと思う。
ちなみに以前は、黒字ローカル線と呼ばれる武蔵野線では、走ってくる客がいる間は決してドアを閉めない、いくら遅延が増大しようと関係なく待っている、という風習があったが、近年はその悪習が中央線にも感染してしまった。