2回立ち上げたとき、ということですが、ブックを二つ開いた、という意味であれば、
以下はどうでしょうか。
現在ブックを Wb1 とし、そこから新規ブックを立ち上げて Wb2 とする。
新規ブック立ち上げ時には、それがアクティブになっています。
Sub aaa()
Dim Wb1 As Workbook, Wb2 As Workbook
Set Wb1 = ActiveWorkbook
Set Wb2 = Workbooks.Add
必要処理
Set Wb1 = Nothing
Set Wb2 = Nothing
End Sub
お礼
ご回答ありがとうございます。 双方のBookを比較することができ、データの入力も容易に出来るようになりました。