> 「cgiを動かすというのは公開するindex.htmlファイル内にcgiのリンク先を記述してやって動かしているという意味でしょうか?」
用語の使われ方が混乱していてご質問内容が自動英文翻訳のように支離滅裂になっていますので、わたくしだけかもしれませんが回答が困難です。
それぞれの役割や機能が整理されていないようですのでご存知であることを承知で説明します。
ただし、ここでは画像やマルチメディアデータについてはややこしくなるので割愛してHTMLデータに主眼を置いて説明いたします。
Webブラウザ
HTMLで記述されたテキストデータをHTMLタグ情報を元に加工成型して表示する、ローカルPC上で動作するソフト
※ ホームページと、そのソースを見比べてください。
※ サーバ機でも動作はしますが、ローカル機とサーバ機を区別して考えてください。
Webサーバ
◎ ネットワーク経由でWebブラウザによって要求されたデータを返信する、サーバマシン上で動作しているサーバサービスプログラム
要求されたものがHTMLファイルならそのファイルを読み込んで内容をそのまま返信する
◎ CGIファイルならその指定されたファイル内に記述されたプログラムをそのサーバマシン上で実行して、その実行結果を返信する。
CGI用の掲示板プログラム
◎ プログラム実行時に、掲示板の表示フォーマットにしたがってHTMLを成型し出力するプログラム
「◎」の部分に注目すれば「BBS掲示板でのhtmlとcgiの関係について」に関して理解しやすいかと思います。