>たとえば、個人の開発者がアイフォン用にアプリを作成した場合、必ずアップストア経由で販売しなければいけないのでしょうか?
はい、個人、企業関係なく、必ずAppleのApp Storeになります。
>同じく、アイフォン用アプリを買える場所はアップストアのみになりますでしょうか?
はい、それ以外はありません。(Jail Breakしたiphoneでのみ使えるマーケットというのも存在しますが、これはアンダーグラウンドなものですので、「ある」とはいえません……)
基本的に、iphoneに関しては、Appleがすべてを統括しており、そこからはみ出るものは一切許さない、という形になっています。販売する場合は、つねにAppleに審査してもらい、許可されたもののみ、指定のストアで、指定の手数料を支払って販売します。
>さらにアンドロイドの場合は、iosより自由度が高いと聞いたことがありますが、販売する・購入する場所はアンドロイドマーケット以外にあるのでしょうか?
はい、いくつものマーケットがあります。そもそもマーケットである必要もありません。例えばフリーウェアなどなら、自分のWebサイトなどで配布することも可能です。アプリに課金の仕組みを組み込むこともできますので、例えばアプリ自体はフリーウェアで配布し、利用の際にPayPalなどで使用料を支払う、というようなスタイルも可能ですね。