『Closeの使用上の注意点』という事なので。
"Book.xls!MacroA"の中に書かれている
ActiveWorkbook.Close
とは、具体的にどのBookをCloseさせたいと思って書いたものですか?
ActiveWorkbookはその時ActiveなBookだったら何でも該当しますから
そういった、状況に依存するような書き方はしないほうが良いです。
なので"Book.xls!MacroA"のActiveWorkbook.Closeメソッド周りを修正する事をおすすめします。
例えばWorkbook型の変数を使って
Dim wb As Workbook
Dim x
x = Application.GetOpenFilename()
If VarType(x) = vbBoolean Then Exit Sub
Set wb = Workbooks.Open(x)
'wbに対する処理
wb.Close
Set wb = Nothing
...な感じでCloseしたいbookを捉えておくべきです。
ですが、"Book.xls!MacroA"のActiveWorkbook.Close が本当に「マクロBが書かれたBook」を閉じる事が目的で、
・マクロBから"Book.xls!MacroA"を呼び出す。
・"Book.xls!MacroA"内の処理で「マクロBが書かれたBook」を閉じ、閉じた後も何らかの処理を行いたい。
...という事であればちょっと話も変わってきますが。
その場合は
Application.Run "Book.xls!MacroA"
の代わりに
Application.OnTime Now, "Book.xls!MacroA"
とすれば良いです。