乗車券=運賃
特急料金・グリーン料金=料金
となり、全く別のものです
ほかの方の回答にもあるように、特急券・グリーン券などは当該列車を利用するに当たって必要な料金です
運賃(乗車券)は列車に乗車する際に、乗車駅から下車駅までに必要な料金となります。
つまり、仮に品川~熱海までのみの乗車だとしたら
運賃=品川ー熱海分
料金=特急券2,190¥となります
なので、乗車駅から下車予定の駅までの分の乗車券を別途購入してください。その際に、どの路線を使うのかを駅係員に伝えてください。
もちろん、自動券売機でも購入はできますが、自動券売機がカバーしているのは新幹線の分のみと、近距離の切符だけです
もし、新幹線以外の路線も使用されるのであれば窓口で買うことをお勧めします。
ちなみに、新幹線は特急に分類されるので特急料金が必要になります