通常作成した文書のセクションは1つだけなので、文書末などに別のファイルを追加挿入した場合は、開いているファイルの設定スタイルに合わされてしまいます。
同じページスタイルの場合はこれで構わないのですが、違う場合はセクション区切りを追加してから行う必要があります。
Wordのバージョン(2003以前か2007か)により操作が違いますので、以下に方法だけを示します。
片方のファイルを開き、文書末にセクション区切りを追加して、元の文書部分と追加する部分のセクションを別のセクションにすることで、1つにまとめることが可能です。
一方のファイルを開き、文書末にセクション区切りを追加挿入して、新しいページを追加します。
ヘッダーとフッターも異なるなら、ヘッダーとフッターツールバーで、それぞれの「前と同じ」の設定を削除してから、以下の追加挿入を行います。
追加したセクションのページを選び、もう一方のファイルと同じページスタイルに設定した後、挿入でもう一方の文書ファイルを追加読み込みします。
これで、異なる行数に設定された文書ファイルを、1つのファイルにすることができると思います。
保存の際は、元ファイルとは別名に変更して保存をした後で、問題が無ければいらないファイルを削除したほうが良いですね。