整理しておきますが
*Suica利用可能エリア JR東日本線(東京近郊区間・仙台圏の一部) 東京モノレール 東京高速臨海鉄道(りんかい線)
*パスネット利用可能エリア パスネット協議会加盟社局
Suicaとパスネットの相互利用は不可ですし、取り扱える窓口もそれぞれことなります。
よって
>JRに乗り入れている営団地下鉄やりんかい線の駅からパスネットで入場した場合、JRの駅で出ることは出来ますか。
自動改札では不可能です。パスネットに印字されている駅から下車するJRの駅までの運賃(前引き運賃分は控除する)を、JRの有人改札で精算(現金またはイオカード)することになります。
なおこの際にパスネット処理連絡票をくれます。次にパスネットを使う際には、予めパスネット協議会加盟社局の有人改札でこの連絡票を見せた上で処理してもらわないと使えません。
>スイカで入場して、営団の駅で出ることは?
自動改札では不可能です。この場合JRとの接続駅(北千住・西船橋・中野)からの営団線運賃を営団の有人改札で精算します。JR分の運賃はJRの有人改札で後日精算します。
なおこの際にSuica処理連絡票をくれます。次にパスネットを使う際には、JRのSuica取扱可能(有人)駅の有人改札でこの連絡票を見せた上で処理・精算(JR利用分)してもらわないと使えません。
なお例外は千代田線綾瀬~北千住間で、同区間は営団線であるにもかかわらずSuicaが使えます。