怪我をしても他の人は責任を取るわけではないのだから
自分の体は自分で大事にしましょう。
（怪我をするのは指導者も悪いのでしょうが一番悪いのは自分です）
筋肉痛ではないのですよね？
重いものを持ったりして体を鍛えるのは厳禁ですが
それで直るかどうか分かりませんが
腕立て腹筋背筋走りこみ柔軟はやった方が良いと思います。
これはトレーニングというよりただの怪我の予防のためです。
１年生ならなおさら習慣づけるといいと思います。
しっかりクールダウンしていますか？
他のチームメイトは平気でもあなたには平気ではないということはありえると思います。
チームでそのようなことをしないのなら自主的にやることをおすすめします。
やっているとするならばより丁寧にクールダウンするようにするといいと思います。
（チーム内で提案するか自分でやるかしてください）
キャッチボールはなるべくゆっくり大きく投げる事を意識して
ランニング、体操、柔軟をする（柔軟は特に念入りに）
柔軟は押しっぱなしにするのではなく１回づつ
普通（？）の状態にする。（痛くなりすぎるほどにはしない）
一個の柔軟の種目はそれぞれ４０秒くらい
息をしっかりとしながら行う。（止めないという意味）
投げ方が悪いというのは一朝一夕に直る事ではないと思いますが
何かの練習をひたすらやるというのは変な癖がついてよくないと思いますから
なんともいえませんね。
注意することはひじの位置は肩以上（ひじが耳の横を通るイメージ）にする事
あとは下半身をしっかり使う事。
上半身に頼りすぎているのかもしれません。
親指の付け根に意識を置いてキャッチボールしてみてください。
つま先は相手に正面にめけるより内側に（そうすると自然に膝は開かなくなります）する。
もう一つはしっかりフィニッシュの形を作る事です。
どういうことかというと腕を最後まで振り切るという事です。
その時右利きなら左足のつま先、左ひざ、右肩を一直線にしてする。
あなたがどんな投げ方をするのかさっぱり分かりませんが
いろいろ試してみてください。（前半部分は実行するべきだと思います（少なくともクールダウンは））
自分の方が痛い事は監督にしっかり言いましょう。
軟弱なやつと思われる可能性も有りますけど
それはそれで仕方ないでしょう。（監督さんも選手の状況を把握できていないという状態は良くないと思いますし）
